Фамилия Ендыбаева — яркий пример того, как русская фамилия может хранить в себе память о тюркских корнях. В её основе лежит мужское личное имя Ендыбай, которое, в свою очередь, состоит из двух частей: «енды» и «бай».

Первая часть, «енды», скорее всего, восходит к тюркскому слову «енде» или «енди» — «сейчас», «теперь», «вот». В составе имени она могла придавать значение «вот он, господин» или «настоящий хозяин». Вторая часть, «бай», — это широко распространённый в тюркских языках компонент, означающий «богач», «господин», «хозяин». В древности так называли уважаемого, состоятельного человека, главу рода. Таким образом, имя Ендыбай буквально переводится как «вот господин» или «истинный хозяин».

Фамилия образована по типичной русской модели: к основе Ендыбай- добавили суффикс -ев (в женском роде — -ева). Этот суффикс указывает на принадлежность: Ендыбаева — дочь или жена человека по имени Ендыбай. В русской традиции такие фамилии закрепились за потомками, которые уже не помнили исходного тюркского значения, но носили фамилию по отцу или деду.

Географически фамилия Ендыбаева наиболее характерна для регионов с сильным тюркским влиянием — Поволжья, Урала, Западной Сибири, а также встречается у башкир, татар и казахов. Скорее всего, предки носителей фамилии были не кочевыми скотоводами, а оседлыми крестьянами или ремесленниками, принявшими православие и вместе с ним русскую фамильную форму.

Интересно, что фамилия сохранила редкую начальную букву «Е», которая в тюркских именах часто передаёт звук, близкий к «Й» или «И». Из-за этого в старых документах и переписях можно встретить варианты написания: Индыбаев, Ендибаев, Яндыбаев. Но именно форма Ендыбаева закрепилась в официальных записях, что говорит о достаточно ранней и стабильной фиксации фамилии в метрических книгах.