Фамилия Ендубаева — женская форма, мужской вариант — Ендубаев. Это фамилия тюркского происхождения, скорее всего, казахского или башкирского. В её основе лежит имя, прозвище или географическое название, что типично для фамилий, образованных от личных имён.

Корень «ендубай» (или «йендубай») распадается на две части: «ен» (в тюркских языках может означать «ширина», «простор», а в некоторых диалектах — «зверь» или «медведь») и «бай» — титул «богач», «господин», «хозяин». Таким образом, исходное прозвище Ендубай могло означать «богатый как медведь», «широкий господин» или «хозяин простора». Второй вариант правдоподобнее: «бай» часто добавляли к именам как пожелание богатства и статуса.

Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Ендубаев — буквально «сын Ендубая» или «из рода Ендубая». Форма на «-ев», а не на «-ов», типична для фамилий, где основа заканчивается на мягкий согласный или «й» (Ендубай -> Ендубаев). Встречаются также варианты написания Ендубай, Ендубаев.

Фамилия редкая и имеет чёткую региональную привязку. Большинство носителей — в Казахстане (особенно в Костанайской и Актюбинской областях), а также среди башкир и татар в Челябинской и Оренбургской областях России. Это подтверждает её происхождение от личного имени, распространённого в кочевых и полукочевых тюркских обществах. В дореволюционных документах эта фамилия почти не встречается, что говорит о её относительно позднем оформлении — скорее всего, в XIX — начале XX века, когда у казахов и башкир начали массово фиксировать фамилии по отчеству.

Социальный контекст прост: предки Ендубаевых были скотоводами или охотниками, а само имя Ендубай могло быть дано как пожелание силы и достатка. Фамилия не имеет отношения к русскому дворянству или духовенству — это чисто народная, патронимическая модель, характерная для тюркских народов.