Фамилия Ендубаев — яркий пример того, как географическая привязка и этническая история переплетаются в русской фамильной модели. Она образована по стандартной для тюркских народов схеме: основа + суффикс принадлежности. В данном случае суффикс -ев указывает на «сына» или «потомка» человека, которого звали Ендубай. Это типичный патроним, то есть фамилия по отцу.

Корень фамилии, имя Ендубай, скорее всего, сложносоставное тюркское имя. Первая часть «енду» (или «инду») может восходить к слову «инду» — «верблюд» в некоторых тюркских диалектах, либо к «ен» — «широкий», «просторный». Вторая часть «бай» — распространенный компонент в тюркских именах, означающий «богатый», «господин», «хозяин». Таким образом, имя Ендубай могло означать «богатый верблюдами» или «владелец широких просторов», что указывает на скотоводческий, кочевой быт предков.

Географически фамилия Ендубаев наиболее характерна для народов Поволжья и Приуралья — татар, башкир. Встречается она и у казахов. Связь с конкретной местностью прослеживается: есть село Ендубай в Мордовии, что прямо указывает на возможное происхождение фамилии от названия населенного пункта. В таком случае фамилия могла принадлежать человеку, приехавшему из этого села, или быть производной от прозвища «ендубаец».

С точки зрения словообразования, фамилия интересна тем, что сохранила неадаптированную тюркскую основу. В отличие от многих фамилий, которые «обрусели» через добавление русского суффикса -ов/-ев к уже русифицированному имени, здесь основа осталась нетронутой. Это говорит о сравнительно позднем закреплении фамилии, возможно, в XIX — начале XX века, когда фиксация прозвищ и имен в документах шла уже без перевода.

Социальный контекст: носители фамилии Ендубаев в дореволюционной России относились к податным сословиям — крестьянам или мещанам. Среди дворянства эта фамилия не отмечена, что типично для поздних патронимов от тюркских имен. Основная масса Ендубаевых проживала в Самарской, Оренбургской и Уфимской губерниях, что подтверждается архивными данными переписей.