Фамилия Эненштейн — редкая в русском контексте, и её происхождение почти наверняка ведёт в немецкоязычную среду. Основа фамилии — немецкое слово «Ehren» (честь) или, что встречается реже, «Enen» (возможный вариант от «Ahnen» — предки). Вторая часть, «-stein», означает «камень» или «скала». Таким образом, буквальный перевод — «камень чести» или «скала предков». В немецкой ономастике фамилии на «-stein» часто указывали на место жительства (замок на скале, каменистая местность) или были искусственными, составными фамилиями, которые в XVIII–XIX веках получали еврейские семьи при переходе к оседлости и обязательной регистрации фамилий в Австро-Венгрии и Пруссии.

Словообразовательная модель типична для немецких фамилий: основа (Ehren/Enen) + суффикс/окончание (-stein). В русском языке фамилия не склоняется по падежам как типичная русская, а остаётся неизменяемой, что сразу выдаёт её иноязычное происхождение. Встречается также вариант написания «Эренштейн» — с буквой «р» вместо «н», что может быть следствием диалектного произношения или ошибки при записи. Если фамилия имеет еврейские корни (а это наиболее вероятно для фамилий на «-штейн» в Восточной Европе), то предки могли быть жителями местечек на территории современной Украины, Беларуси или Польши, где в XIX веке немецкие фамилии адаптировали к местной фонетике.

Споров вокруг корня немного, но есть нюанс: иногда «Энен» путают с французским «Hénin» или славянским «Енин», но это ложные параллели. Фонетически и исторически вернее связывать фамилию с немецким «Ehrenstein» — так назывались дворянские роды и даже географические объекты в Австрии и Германии. В Российской империи носители фамилии Эненштейн встречались среди аптекарей, врачей и мелких торговцев — типичных занятий для еврейского населения, получившего фамилии подобного типа. География бытования в современной России — единичные случаи, в основном в крупных городах, куда фамилия попала с волнами миграции в конце XIX — начале XX века.