Фамилия Енизеркина — редкая и неочевидная с первого взгляда, что делает её особенно интересной для разбора. Скорее всего, она образована от прозвища или мирского имени Енизерко (или Енизерка), которое, в свою очередь, восходит к тюркскому корню. Основа «ени» в тюркских языках означает «новый» (ср. татарское «яңа», турецкое «yeni»), а «зер» или «зерк» может быть искажённым вариантом слова «йер» (земля) или «эр» (мужчина, человек). Таким образом, исходное прозвище могло значить «новый человек» или «новосёл» — так в русских землях могли называть переселенца, недавно прибывшего на новое место, или обрусевшего представителя другого народа.

Суффикс -к- в основе (Енизерк-а) — уменьшительно-ласкательный или обиходный, характерный для прозвищ в южнорусских и украинских говорах. Фамилия построена по типичной русской модели: к основе на -а прибавляется притяжательный суффикс -ин (чей? — Енизеркин), а женская форма Енизеркина указывает на принадлежность к роду. Мужской вариант — Енизеркин.

Географически фамилия тяготеет к регионам бывшего «Дикого поля» и Поволжья, где было активно тюркско-славянское пограничье: Рязанская, Тамбовская, Пензенская области, а также территории современных Татарстана и Башкортостана. Встречаемость крайне низкая — это не массовая фамилия, а скорее локальная, сохранившаяся в одной-двух ветвях рода. В дореволюционных источниках она могла записываться как «Енизеркина» (женщина) или «Енизеркинъ» (мужчина), причём нередко с колебаниями в первой гласной: встречается вариант «Янизеркин» — от того же тюркского корня, но с «я» вместо «е» (ср. «яңа»).

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к государственным или однодворческим крестьянам, а также к казачеству. В пользу этого говорит сам тип прозвища: «новый человек» на границе — это часто не коренной помещик, а вольный или служилый поселенец. Единичные записи в метрических книгах XIX века (например, по Саратовской губернии) фиксируют Енизеркиных как крестьян, но без указания на принадлежность к дворянству или купечеству.

Известных носителей фамилии в публичном поле практически нет, что только подтверждает её редкость и узколокальный характер. Это не «испорченная» иностранная фамилия и не искусственное образование советского времени — перед нами живое свидетельство многовекового соседства славянских и тюркских культур на южных рубежах России, застывшее в прозвище «новосёл».