Фамилия Енидеркин — редкая, и её корни уходят в тюркские языки, вероятнее всего, в татарский или башкирский. Основа «ени» (йеңе, яңа) означает «новый». Вторая часть, «дерк» или «дәрк», может восходить к слову «дәрәкә» — «степень», «уровень», «чин», либо к «тирәк» — «тополь». Таким образом, прозвище Енидерк могло означать «новый чин» (например, недавно пожалованный титул) или «новый тополь» — метафора для молодого, стройного человека. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Енидерка.

Модель образования фамилии типична для русской среды, куда она попала через крещение или ассимиляцию тюркского населения. В документах XVI–XVII веков такие фамилии нередко фиксировались у служилых татар, перешедших на русскую службу, или у крещёных инородцев. Енидеркин мог быть и прозвищем в среде казачества или торговых людей Поволжья, где тюркские заимствования были обычны.

Спорная версия: связь с «енот» или «енд» маловероятна — слово «ени» в русском языке не встречается, а «дерк» не имеет славянских аналогов. Поэтому тюркское происхождение — основное и наиболее обоснованное.

Географически фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале, особенно в Татарстане, Башкортостане и соседних областях. Это подтверждает её локальный характер: носители, скорее всего, потомки местных тюркских народов, обрусевших в разное время.

Сословно предки Енидеркиных могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми — точных данных нет, но сам корень «дерк» (чин) намекает на возможную связь с военно-административной средой.