Фамилия Ендеркин — редкий пример, когда в основе фамилии лежит не личное имя или прозвище, а название небольшого притока Суры — ручья Индерка (в местном произношении Ендерка). Этот гидроним дал имя татарскому селу в Сосновоборском районе, а от него, скорее всего, пошла и фамилия. Значит, предок носителя фамилии Ендеркин был уроженцем тех мест — либо выходцем из села на ручье Ендерке, либо владел там землей.

Сам гидроним вызывает споры. Жители села связывают его с татарским «ендыр» — «гумно». Но есть и другая версия: название могло перекочевать из Чувашии, от села Индырчи, и восходить к чувашскому мужскому имени Инедер. Тот факт, что к основе добавили русский суффикс -ка (Ендерка), говорит о том, что название ручья или села «обрусело» уже в момент закрепления на карте.

Фамилия образована по простой русской модели: топоним + суффикс -ин. Суффикс -ин в фамилиях на -ин/-ын указывает на принадлежность: «чей?» — «Ендеркин», то есть «сын человека из Ендерки». В отличие от дворянских фамилий на -ский, которые тоже могли происходить от названий поместий, фамилии на -ин характерны для всех остальных сословий — крестьян, мещан, однодворцев. Так что носитель фамилии Ендеркин почти наверняка происходит из крестьянской или посадской среды, а его предок был тесно связан с конкретным местом на левом берегу Суры.