Фамилия Ендерова, при всей своей редкости, имеет прозрачную структуру. Она образована по стандартной русской модели с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность: Ендеров — сын или потомок человека по имени или прозвищу Ендер. Женская форма Ендерова, таким образом, означает «принадлежащая роду Ендеровых» или «жена/дочь Ендерова».

Куда сложнее с основой — Ендер. Здесь сталкиваются две версии, и обе имеют право на существование. Первая связывает корень с тюркскими языками, где «ендер» или близкие формы могли означать «самый лучший», «отборный» или быть вариантом личного имени Эндер (встречается у татар, башкир). В таком случае фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар или в регионах активного русско-тюркского пограничья (Поволжье, Урал). Вторая версия — русская диалектная. В некоторых говорах «ендер» или «яндырь» — это название растения (например, кислицы) или мелкого кустарника. Тогда прозвище Ендер могли дать либо по месту жительства (у зарослей ендера), либо по внешности или характеру (сравнение с кислым, невзрачным растением).

Географически фамилия Ендерова встречается спорадически, без явного «гнезда». Единичные носители зафиксированы в Сибири (Томская, Новосибирская области) и в центральной России. Это наводит на мысль, что фамилия не была массовой и могла принадлежать одной-двум разросшимся крестьянским или мещанским семьям. Сословной привязки нет — по суффиксу и простоте основы это типичная фамилия непривилегированных слоёв, возникшая не раньше XVII–XVIII веков, когда происходила массовая фиксация прозвищ в фамилии.

Стоит обратить внимание на возможное искажение написания. В старых документах фамилию могли записать как Ендярова, Индерова или даже Яндерова — из-за смешения «е» и «я» в безударной позиции и нечёткого произношения. Если искать корни, стоит проверять все эти варианты в ревизских сказках и метрических книгах. Правдоподобнее выглядит тюркская версия происхождения: она объясняет редкость корня и его благозвучное значение, в отличие от «растительной», которая даёт прозвище с нелестным оттенком.