Фамилия Ендерюков — редкая и сбивающая с толку на слух. С первого взгляда кажется, что в ней прячется что-то иностранное: то ли немецкое, то ли тюркское. На самом деле, скорее всего, перед нами чисто русская фамилия, образованная от прозвища, и ключ к ней лежит в диалектной лексике.

Основа фамилии — слово «ендеря» или «ендерюк». В русских говорах, особенно на севере и Урале, «ендеря» — это небольшой зверёк, чаще всего норка или выдра, а также их мех. Человек, получивший такое прозвище, мог быть удачливым охотником на пушного зверя, либо, что вероятнее, обладал какими-то внешними чертами, напоминающими этого зверька: юркостью, подвижностью, тёмными волосами или маленькими глазами. В некоторых диалектах слово «ендеря» имело и переносное значение — хитрый, увертливый человек.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе «Ендерюк» прибавили притяжательный суффикс «-ов», что означает «сын Ендерюка» или «принадлежащий Ендерюку». Суффикс «-юк» в основе указывает на то, что прозвище бытовало на украинских или южнорусских землях, где такие уменьшительные формы особенно распространены. Таким образом, фамилия могла возникнуть в зоне контакта великорусского и малорусского населения — например, на Слобожанщине или в южных уездах России.

Встречается версия, что фамилия восходит к тюркскому имени Ендер (Андер) — в таком случае она означала бы «потомок человека по имени Ендер». Однако эта гипотеза слабая: тюркское имя Ендер крайне редкое и не фиксируется в известных родословных книгах, а русская диалектная основа для фамилии лежит на поверхности и не требует привлечения экзотических корней.

Социально фамилия Ендерюков, скорее всего, принадлежала крестьянскому или однодворческому сословию. В дореволюционных записях она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании и малой численности рода. Носителей этой фамилии можно поискать в архивах Воронежской, Курской или Тамбовской губерний — именно там диалектное слово «ендеря» было в ходу, и там же встречаются фамилии со схожей структурой (Ендеров, Ендеркин).