Фамилия Ендиеров — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначному толкованию с первого взгляда. В ней нет прозрачного корня вроде «кузнец» или «мельник», и это как раз тот случай, когда стоит разобрать словообразовательную цепочку, а не гадать на кофейной гуще.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Ендиеров, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Ендиер. Сама основа Ендиер — скорее всего, искажённое или адаптированное на русской почве тюркское имя. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) распространены имена с корнем «ян» (душа) или «ен» (ширина, простор), но здесь более вероятна связь с арабским «дин» (вера, религия) через форму «Дин-яр» или «Диньер». При переходе в русскую речь начальное «Д» могло озвончиться или замениться на «Е» под влиянием южнорусского аканья и привычки смягчать согласные. Так «Диньяр» превращался в «Ендиер» — запись на слух, без строгой орфографической нормы.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: от прозвища Ендиер, данного человеку с необычной походкой или осанкой. В некоторых говорах «ендить» означало «гнуть, клонить», а «ендиер» — тот, кто ходит сгорбившись или прихрамывает. Однако в говорах это слово не зафиксировано как устойчивое, поэтому версия с тюркским именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками шёл активный контакт русского и тюркского населения. Носители фамилии Ендиеров могли быть потомками крещёных татар или башкир, получивших фамилию по имени отца при переходе в православие. В метрических книгах XIX века такие фамилии нередко встречаются в среде государственных крестьян и однодворцев южных уездов.

Сравните с однокоренными фамилиями: Ендиеров отличается от Ендиерова только родовой формой, а вот Ендиеркин или Ендиерцев — уже другие модели, указывающие на иную социальную среду (суффикс -кин чаще у крестьян, -цев — у служилых людей). Но Ендиеров остаётся самым частым вариантом, что говорит о его закреплении в официальных документах именно в этой форме.

Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они жили на стыке культур — там, где русский язык переплавлял иноязычные имена в привычные отчества, а фамилия становилась единственным напоминанием о том, что когда-то пращура звали не Иваном, а по-другому.