Фамилия Енкер — редкий для России случай, когда фамилия практически не изменилась при переходе в русский быт. Она не имеет славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на её иноязычное происхождение. Скорее всего, перед нами немецкая или еврейская фамилия, записанная в русском варианте без адаптации.

В немецком языке слово «Enker» (или «Encker») могло быть профессиональным прозвищем. Одна из версий связывает его с диалектным «Enker» — сборщик колосьев или тот, кто работает в поле после жатвы. Другая, более прямая, отсылает к слову «Enkel» (внук) — в таком случае фамилия могла означать «внук» и давалась для отличия старшего и младшего родственников с одним именем. В еврейской среде (ашкеназской) фамилия Енкер могла возникнуть от названия профессии, связанной с торговлей или ремеслом, либо быть топонимической — от названия местечка или города.

В России фамилия Енкер встречается в основном среди потомков немецких колонистов, переселявшихся в Поволжье и на юг империи в XVIII–XIX веках, а также среди еврейского населения западных губерний. Поскольку фамилия не склоняется по падежам в мужском роде (Иван Енкер, Ивана Енкера), она сохранила свой первоначальный облик, что помогает отличить её от поздних русифицированных вариантов.

Известных носителей с такой фамилией в широкой истории нет, но она может быть знакома специалистам по генеалогии немецких колоний. Если ваши предки носили фамилию Енкер, стоит искать их в метрических книгах лютеранских приходов или в ревизских сказках еврейских общин XIX века — там она встречается чаще, чем в центральных губерниях.