Фамилия Енкен звучит нехарактерно для русской среды. И это не случайно: её происхождение почти наверняка немецкое. В русском языке нет корня «енк-», который мог бы лечь в основу прозвища или имени, а сама модель на -ен указывает на немецкую фамилию, адаптированную к русской речи.

Скорее всего, фамилия Енкен восходит к нижненемецкому имени Enke или Enne, которое является краткой формой от имени Энгельберт или Энгельхард. В немецких диалектах суффикс -en часто указывал на принадлежность: «Enken» могло означать «потомок Энке» или «принадлежащий Энке». Фамилии такого типа были распространены в северной Германии, особенно в землях Шлезвиг-Гольштейн, Мекленбург и Померания, откуда в XVIII–XIX веках немцы переселялись в Российскую империю.

В России фамилия Енкен закрепилась в среде поволжских немцев и остзейских дворян. Носители её чаще всего были лютеранами, а род занятий мог быть самым разным: от крестьян-колонистов до управляющих имениями и ремесленников. Написание фамилии в русских документах могло варьироваться: Енкен, Энкен, Енкенъ — это зависело от канцелярской записи немецкой фамилии на слух.

Стоит отличать её от похожих русских фамилий на -ин (Енкин, Енькин), которые происходят от прозвища «Еня» — уменьшительной формы имени Евгений. Енкен же сохраняет немецкую основу и суффикс, не свойственный русской антропонимике. Если ваши предки носили эту фамилию, с высокой вероятностью они были потомками немецких колонистов, и искать их корни стоит в метрических книгах лютеранских приходов Поволжья или Прибалтики.