Фамилия Еркен звучит нехарактерно для исконно русского уха. Её основа и суффиксальное оформление сразу указывают на тюркское происхождение. В русском языке фамилия закрепилась в форме Еркен без дополнительного патронимического суффикса (-ов, -ев, -ин), что встречается у фамилий, пришедших из тюркских языков, особенно у народов Поволжья, Кавказа или Средней Азии.

Корень фамилии восходит к тюркскому слову «еркен» или «иркен». В большинстве тюркских языков (татарском, башкирском, казахском, киргизском) это слово имеет значение «вольный», «свободный», «независимый», а также может означать «просторный», «широкий». Таким образом, Еркен — это, скорее всего, прозвище, которое давали человеку свободолюбивому, независимому по характеру или жившему на приволье. В некоторых диалектах слово могло обозначать и социальный статус — «вольноотпущенник», что добавляет фамилии исторической глубины.

Модель образования проста: тюркское личное имя или прозвище Еркен перешло в фамилию без изменений. Это характерно для многих нерусских фамилий, которые вошли в русский обиход в XIX–XX веках, особенно после присоединения Средней Азии и Кавказа. Встречается также вариант Еркенов, где уже добавлен русский суффикс принадлежности, но форма Еркен — более архаичная и прямая.

Географически фамилия распространена среди татар, башкир, казахов, а также встречается у крымских татар и народов Кавказа. В русских документах она могла фиксироваться по-разному: через «ё» или «е», но произносится одинаково — с мягким «р». Учитывая семантику корня, предки носителя фамилии Еркен могли быть людьми, получившими свободу, или просто теми, кого в округе называли «вольным» за нрав или положение.