Фамилия Енсебекова, судя по её структуре, имеет тюркское происхождение и наиболее вероятно связана с казахской или башкирской ономастикой. Основа фамилии — «Енсебек» — представляет собой сложное имя. Первая часть, «Енсе», может восходить к тюркскому слову «енсе» с несколькими значениями: «потомство», «род» или, в диалектах, «плечо», «опора». Вторая часть, «бек», — широко распространенный титул и компонент имени, означающий «господин», «князь», «вождь». Таким образом, имя Енсебек могло трактоваться как «опора рода» или «господин потомства» — имя-пожелание, подчеркивающее статус и надежду на продолжение рода.

Фамилия образована от имени отца (Енсебек) с помощью русского патронимического суффикса -ов, адаптированного к женскому роду (Енсебекова). В казахской традиции фамилии часто формировались именно так: к имени предка добавляли русский суффикс, реже — окончание -ев или -ин. Мужской вариант фамилии — Енсебеков. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, жил в XIX — начале XX века, когда у казахов и других тюркских народов Российской империи начали массово фиксировать фамилии по отцовской линии для учета населения.

Географическая привязка фамилии Енсебекова — преимущественно Казахстан, особенно южные и западные регионы, где распространены сложные имена с компонентом «бек». Встречается она и среди башкир, и татар, но реже. Есть вероятность, что фамилия могла возникнуть и у других тюркских народов (например, у ногайцев), но основной ареал — казахская среда.

Несмотря на тюркские корни, фамилия Енсебекова несёт на себе отпечаток русской административной практики: суффикс -ов указывает на то, что предок был записан в метриках или ревизских сказках по отчеству. Сама фамилия не является древней — она закрепилась не ранее середины XIX века. В отличие от русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий, Енсебекова — это «именная» фамилия, то есть прямая передача личного имени предка.