Фамилия Енущенко — яркий пример южнорусской и украинской модели фамилий с суффиксом -енко, который указывает на происхождение от отца или главы семьи. В основе фамилии лежит имя Енуша — уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Иоанн (Иван) или, реже, от Енох. Таким образом, Енущенко буквально означает «потомок Енуши» или «сын Енущенка».

Суффикс -енко характерен для фамилий, сформировавшихся на территории современной Украины, особенно в её центральных и восточных регионах, а также на юге России (Кубань, Ростовская область). В отличие от северорусских фамилий на -ов/-ев, где акцент на принадлежности к роду, -енко подчеркивает именно сыновнюю связь. Встречаются также варианты написания: Енушенко, Енущёнко, но основная форма — через «щ» — отражает мягкое произношение в украинской фонетике.

Само имя Енуша — неканоническое, народное. В старину так могли называть ребёнка в семье, где имя Иван было распространено, а Енуша — его домашний, ласковый вариант. В некоторых говорах «енуша» могло быть прозвищем — от «енот» (как характеристика внешности или поведения), но это менее вероятно: ономасты считают, что основа чаще антропонимическая, чем апеллятивная.

Социально фамилия Енущенко, скорее всего, принадлежала крестьянскому или казачьему сословию — именно в этих средах модель на -енко была доминирующей. Дворянские роды с таким окончанием редки и обычно имеют иное происхождение (польское или белорусское). В документах XVIII–XIX веков носители фамилии встречаются преимущественно в Полтавской, Харьковской, Черниговской губерниях, а также среди запорожских казаков.

Однокоренные фамилии — Енуков, Енушко, Енушков — встречаются реже, что подчёркивает локальный характер исходного прозвища. Енущенко — не массовая фамилия, но её носители есть и в России, и в Украине, и в дальнем зарубежье, куда эмигрировали потомки тех самых Енушей.