Фамилия Епекова — один из тех случаев, когда происхождение слова напрямую связано с бытом и занятиями предков, а не с крестильным именем. В её основе лежит тюркское слово «епек» (или «ипек»), которое в ряде тюркских языков (татарском, башкирском, казахском, турецком) означает «шёлк». Соответственно, прозвище Епек могли дать человеку, имевшему дело с шёлком: торговцу тканями, красильщику, портному, работавшему с дорогим материалом, или просто любителю нарядной одежды.

Модель образования типична для русских фамилий тюркского происхождения: к основе «Епек» добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем — женское окончание -а. Таким образом, Епекова — это буквально «дочь (жена) Епека». Мужской вариант — Епеков. Фамилия редкая, её ареал, скорее всего, связан с регионами Поволжья и Урала, где веками жили татары и башкиры, а также с казачьими областями, где тюркские прозвища были обычным делом.

Слово «епек» в значении «шёлк» встречается и в карачаево-балкарском языке, поэтому нельзя исключать и северокавказский след фамилии. В русских говорах и диалектах слово «епек» не зафиксировано, что подтверждает его иноязычное заимствование. Встречается также вариант написания Ипекова — с начальной «и», что ближе к исходному произношению в некоторых тюркских наречиях.

В отличие от фамилий, образованных от прозвищ по внешности или характеру, Епекова указывает на профессию или ремесло. Вероятно, предок носителя этой фамилии был человеком состоятельным, поскольку шёлк был товаром дорогим и привозным. Других версий, например, от личного имени Епифан или греческого корня, у этой фамилии нет — тюркская основа здесь очевидна.