Фамилия Епейкикин — редкий пример двойного суффикса в русской фамильной модели. Она образована по схеме «прозвище + -к(а) + -ин»: сначала к основе добавили уменьшительно-уничижительный суффикс -к-, а затем уже к этой уменьшительной форме — притяжательный суффикс -ин. То есть сначала появилось прозвище Епейка (или Епейк(а)), а затем от него — фамилия Епейкикин, буквально: «чей-то сын Епейки» или «из рода Епейки».

Самая сложная часть — корень «епей-». Вероятнее всего, это искажённое или диалектное произношение слова «опей» — так в некоторых говорах называли пьяницу, человека, который «опивается» хмельным. В этом случае прозвище Епейка означало бы «пьянчужка», а фамилия Епейкикин закрепилась за его потомками. Подобные прозвища на Руси были часты: неодобрительное отношение к пьянству не мешало давать соответствующие уличные клички, которые потом становились фамилиями.

Менее правдоподобна связь с тюркскими корнями. В языках Поволжья встречается слово «епей» (или «әпәй») — почтительное обращение к старшей женщине, матери. Однако для русской фамилии такой вариант маловероятен: суффикс -ин указывает на славянскую модель образования, а тюркские заимствования обычно оформлялись иначе. К тому же фамилия с женской основой (от «епей» — мать) в крестьянской среде была бы исключением.

Географически Епейкикин, скорее всего, фамилия из северных или центральных областей России, где диалектное «опей» переходило в «епей». Встречается она крайне редко, и это говорит о том, что род мог быть малочисленным или жить замкнуто в одном селе. Сословно — почти наверняка крестьянская или однодворческая, поскольку прозвищные фамилии с двойным суффиксом редко встречались у дворян.

Примечательная деталь: фамилия Епейкикин — один из немногих случаев, когда в одном слове уживаются два суффикса, каждый из которых мог бы самостоятельно образовывать фамилию. Сравните: Епейкин (от Епейка) и Епейков (от Епей). Здесь же словообразовательная цепочка удвоилась, что для русских фамилий редкость и обычно указывает на позднее закрепление прозвища в документах.