Фамилия Эпинатьева — женская форма фамилии Эпинатьев, а та, в свою очередь, образована от мужского имени или прозвища Эпинатий. В русской ономастике это редкий случай, когда в основе лежит имя, не входящее в стандартный святцы, а скорее являющееся народной, разговорной формой канонического церковного имени.

Скорее всего, Эпинатий — это просторечный вариант имени Ипатий (греч. Hypatios — «высочайший»). В русском языке имя Ипатий давало множество производных: Ипат, Пат, а в некоторых говорах — Эпат, Эпинат. Суффикс -ий в фамилиях такого типа (как и в фамилиях на -ьев) указывает на принадлежность: Эпинатьев буквально означает «сын Эпинатия» или «из рода Эпинатия». Модель образования типична для северных и центральных областей России, где отчество на -ьев/-ин было распространено шире, чем на юге.

Вторая возможная, но менее вероятная версия связывает фамилию с греческим словом «эпинойя» (epinoia) — «замысел, изобретение». В этом случае прозвище Эпинатий мог получить человек задумчивый, склонный к размышлениям или изобретательству. Однако такая версия не подкрепляется массовыми примерами в русских говорах, где греческие заимствования в чистом виде редко становились прозвищами.

Географически фамилия Эпинатьева встречается редко, и её очаги можно искать в Поволжье или на Русском Севере, где в XVII–XVIII веках активно переиначивали церковные имена на местный лад. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или посадским людям, так как дворянские фамилии с таким редким корнем в исторических документах не зафиксированы. В любом случае, Эпинатьевы — потомки человека, которого в быту звали не по святцам, а по-домашнему, но официально записали в метрику именно так.