Фамилия Епитроп — редкий для русской среды случай, когда в основе лежит не имя, не ремесло и не прозвище, а церковная должность. Слово «епитроп» (от греческого ἐπίτροπος — управляющий, попечитель) в православной традиции обозначало доверенное лицо епископа, часто — эконома или управляющего церковным имуществом, а в некоторых диалектах — просто церковного старосту. Так что носитель фамилии почти наверняка происходит от человека, который выполнял эти обязанности при храме или монастыре.

Сама фамилия построена по типичной для южнорусских и украинских земель модели — без суффикса, на основе чистого названия должности. В Великороссии такое слово скорее переделали бы в Епитропов, но форма Епитроп (как и Дьякон, Пономарь, Протопоп) сохранила первоначальный вид, что указывает на запорожское или малороссийское происхождение. В списках казацкой старшины и духовенства XVII–XVIII веков подобные прозвища встречались нередко: должность давала человеку вес в общине, и её могли закрепить как родовое имя.

Есть и менее вероятная версия — от греческого личного имени Епитроп, но в русской ономастике она не находит подтверждения: имя это было крайне редким даже в среде греческого духовенства. Куда надёжнее связывать фамилию с социальной ролью предка — церковного управляющего, следившего за хозяйством прихода. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на владение землёй, Епитроп прямо говорит о занятии, причём не самом низком: епитропы обычно были грамотными и уважаемыми людьми.

Географически фамилия встречается единично, преимущественно на юге России и в восточных областях Украины. В дореволюционных метрических книгах её можно найти среди мещан и духовного сословия. Сегодня это одна из тех фамилий, которая почти не даёт осечек при этимологии: греческий корень, церковная среда, прозрачный смысл — и никакой путаницы с другими основами.