Фамилия Епкин впервые записана в XVI–XVII веках в северных и центральных уездах России. Её основа — нецерковное имя или прозвище Епка. В древнерусской антропонимии такие имена образовывали с помощью уменьшительного суффикса -к(а) от разных корней. Чаще всего Епка — производное от крестильного имени Епифан (в просторечии Епифан → Епка). Епифан в переводе с греческого означает «явленный», «видный». Могли назвать и от имени Евпл (греч. «хороший кормчий»), которое в народе звучало как Епля, Епка. Вторая версия — прозвищная: в диалектах слово «епа» или «епиться» означало «упрямиться», «капризничать», а в некоторых говорах «епка» — «задира», «забияка». Человек с таким прозвищем мог быть неуживчивым или своенравным.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Епкин — «сын Епки». Это типичная модель русских фамилий от имён и прозвищ на -а/-я. В документах XVII века встречаем крестьянина Епку из Важского уезда, что подтверждает севернорусское происхождение. Редкость фамилии объясняется тем, что основа Епка почти вышла из употребления уже к XVIII столетию, уступив место полным церковным формам.

Интересно, что в переписных книгах фамилия иногда писалась через «о» — Опкин. Это не вариант, а самостоятельная фамилия от имени Опка (производное от Опим — форма имени Иоаким). Ошибки при переписи могли смешать их, но Епкин и Опкин — разные родовые гнёзда. Сегодня Епкины встречаются в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, что подтверждает старую географию.

Сословного барьера у фамилии не было: Епкиными записаны и крестьяне, и посадские люди. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах нет — это фамилия простых людей, у которых имя предка осталось в виде прозвища.