Фамилия Епрер — редкий случай, когда внешняя форма почти не оставляет зацепок для этимолога. В ней нет типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), а корень не похож на известные славянские основы. Первое, что приходит в голову: перед нами не исконно русская фамилия, а заимствованная или искусственно созданная.

Самая вероятная версия — фамилия Епрер восходит к немецкому или еврейскому (ашкеназскому) корню. В немецком языке есть слово «Epper» (вариант имени Эберхард) или фамилия «Epprer», которая могла быть записана на слух русскими чиновниками как Епрер. В таком случае основа — личное имя или прозвище, а окончание -ер типично для немецких фамилий, обозначающих профессию или принадлежность (например, «Bäcker» — пекарь). Если это еврейская фамилия, она могла быть образована от аббревиатуры или топонима, но конкретных данных об этом нет.

Вторая, менее правдоподобная гипотеза — что Епрер это искажённое «Ефремов» или «Епреев», где конечный суффикс был утрачен или переосмыслен. Такое случалось при переселении в другие регионы или при ошибках писарей, но для этого нет подтверждений. Фамилия не фиксируется в классических словарях русских фамилий (Унбегаун, Никонов), что косвенно указывает на её недавнее происхождение или малочисленность.

Географически фамилия Епрер встречается в основном на юге России и в Закавказье, что может указывать на миграцию носителей из немецких колоний или из черты оседлости. В любом случае, точное значение сегодня восстановить сложно — ясна только модель: это фамилия-прозвище или фамилия-имя, адаптированная к русскому произношению.