Фамилия Ерафонов — редкий случай, когда написание расходится с произношением, и это ведёт к путанице в поиске корня. Если произнести фамилию вслух, слышится «Ерафонов», но при взгляде на бумагу возникает вопрос: не связана ли она с «Ерофей»? Связь есть, но не прямая.

В основе фамилии лежит каноническое имя Иерофей (от греческого hieros — священный и theos — бог). В народной русской традиции оно превратилось в Ерофей, а затем в просторечные формы Ероха, Ерошка, Ероня. Но в фамилии Ерафонов мы видим не стандартный переход «о» в «а» под ударением, а скорее диалектную или бытовую замену. В некоторых говорах, особенно в северных и сибирских, звук «о» в безударном положении редуцировался до «а», и имя Ерофей произносили как «Ерафей». Отсюда и пошла фамилия Ерафонов — «сын Ерафея», то есть потомок человека по имени Ерофей.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от полных форм имени. Владельца такой фамилии предки, скорее всего, звали просто Ерафон (вместо Ерофей), что фиксирует местный говор. По сословной принадлежности носители фамилии могли быть крестьянами или посадскими людьми, так как дворянские роды чаще сохраняли книжную форму Иерофеев или Ерофеев. Фамилия Ерафонов встречается спорадически, без ярко выраженного гнезда в одном регионе, что типично для фамилий, возникших из диалектного варианта имени, а не из прозвища или ремесла.

Других версий происхождения, например от слова «ера» или «ералаш», нет: они не выдерживают проверки словообразованием. Ерафонов — это чистая патронимическая фамилия, где исходное имя претерпело фонетическое изменение, и в этом её главная особенность.