Фамилия Ерофонов — не самая распространённая, но в ней легко прочитывается русская словообразовательная модель. В основе лежит имя Ерофей, которое через разговорную форму Ерофон дало фамилию с типичным патронимическим суффиксом -ов. Проще говоря, Ерофонов — это «сын Ерофона», а Ерофон — народный, упрощённый вариант крестильного имени Ерофей.

Само имя Ерофей пришло в русский язык из греческого, где Иерофей означает «священный» или «освящённый Богом». В народной среде это имя пережило типичные фонетические изменения: исчез начальный гласный, а окончание -ей в бытовой речи часто переходило в -он (сравните: Тимофей — Тимоха, Ерофей — Ероха, Ероня, Ерофан). Форма Ерофон закрепилась в качестве прозвищного или уменьшительного имени, от которого и пошла фамилия.

Встречается и другое объяснение, но оно менее убедительно. Некоторые исследователи допускают, что фамилия могла образоваться от прозвища Ерофан, связанного с глаголом «ерофеить» — в одном из диалектных значений «шататься без дела» или «вести беспутный образ жизни». Однако связь с каноническим именем Ерофей выглядит и проще, и исторически правдоподобнее: большинство русских фамилий на -ов и -ин образованы именно от крестильных имён, а не от редких и часто негативных прозвищ.

Фамилия Ерофонов встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской, Костромской и Архангельской областях. Это согласуется с историей бытования имени Ерофей — оно было популярно именно на Русском Севере, где дольше сохранялись старые имена и их народные формы. Среди дворянства эта фамилия не зафиксирована, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение её первых носителей.

Таким образом, Ерофонов — фамилия, в основе которой лежит имя с древнегреческими корнями, прошедшее через народную переработку. Предки современных Ерофоновых, скорее всего, были людьми, чьих отцов или дедов звали Ерофеями, но в быту — по-простому — Ерофонами.