Фамилия Ерефенин — редкий пример, когда суффикс -ин присоединился не к имени или прозвищу напрямую, а к уже готовой фамилии на -ен. Если разобрать цепочку, получается: Ерефеня → Ерефенин. Основа Ерефеня — это народная форма крестильного имени Иеремия (в бытовом произношении Еремей). В русских говорах имя Еремей давало множество уменьшительных вариантов: Ерема, Еремка, Ереша, а также Ерефей и Ерефеня. Последняя форма с суффиксом -еня — ласкательная, характерная для северных и центральных областей России.

Таким образом, фамилия Ерефенин буквально означает «потомок Ерефени». Словообразовательная модель проста: к основе на -ен прибавляется притяжательный суффикс -ин (как в фамилиях Володин, Мишин). В отличие от более распространённых Еремеевых или Ерёминых, Ерефенин встречается редко, что указывает на локальное бытование исходного прозвища Ерефеня.

Ономастические справочники не фиксируют массового распространения этой фамилии. Скорее всего, она возникла в одной или нескольких соседних деревнях, где имя Еремей в форме Ерефеня было в ходу. По сословной принадлежности предки могли быть крестьянами или посадскими людьми: в дворянской среде такие «домашние» уменьшительные формы редко становились фамилиями.

Интересная деталь: в старых документах фамилию могли записать как Ерефенинов — с двойным суффиксом. Это объясняется тем, что писцы иногда считали окончание -ин недостаточным и добавляли ещё один притяжательный суффикс, чтобы «укрепить» фамилию. Но вариант Ерефенин — основной и более точный.