Фамилия Ерефенина — женская форма, мужской вариант — Ерефенин. В основе фамилии лежит имя Ерефеня, которое в русской народной среде было просторечной, «домашней» формой канонического крестильного имени Иерофей (в переводе с греческого — «освященный богом»). Такие сокращения с окончанием на -еня, -аня, -уня характерны для северных и центральных говоров: Ерефеня — это уменьшительное от Иерофей, как, например, Ерёма от Еремей или Ероха от Ерофей.

В словообразовании фамилии работает стандартная модель: от основы Ерефен- с помощью притяжательного суффикса -ин образовали фамилию, отвечающую на вопрос «чей?» — сын Ерефени. То есть родоначальника скорее всего звали Ерефеней, и это было не прозвище, а обиходное имя, под которым его знали в деревне. В документах XVII–XVIII веков такие формы встречаются повсеместно: в переписных книгах Архангельского уезда, Вологодчины и Вятки нередко фиксировали крестьян с именем Ерефеня или Ерофейка.

Географически фамилия Ерефенин (и, соответственно, Ерефенина) привязана к старым русским территориям Русского Севера и Приуралья. Встречается она редко, что указывает на локальное происхождение — возможно, от одного крестьянского рода в конкретной волости. Учитывая, что суффикс -ин чаще всего получали фамилии от имен, заканчивающихся на -а/-я (Ерефеня → Ерефенин), это типичная севернорусская модель, где притяжательный суффикс -ин так же распространён, как -ов в центральных регионах.

Версий о связи с каким-либо ремеслом или прозвищем нет: корень чисто именной, без дополнительной семантики. Фамилия не дворянская и не купеческая — она из крестьянской среды, где полное церковное имя Иерофей в быту переделывали до неузнаваемости, а потом закрепляли в фамилии. Так что Ерефенина — это буквально «дочь или жена того, кого в деревне звали Ерефеней».