Фамилия Ергенекон — редчайший случай в русском ономастиконе. Она не вписывается ни в одну из привычных словообразовательных моделей русских фамилий. В ней нет ни типичного суффикса -ов/-ев, ни -ин, ни -ский. Это указывает на то, что перед нами не исконно русская фамилия, а фамилия, заимствованная из другого языка и, скорее всего, сохранившая своё исходное звучание без переделки на русский лад.

Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. Основа «Ергенекон» отчётливо распадается на два слова: «ер» (мужчина, земля) и «генекон» (широкий, просторный). Однако гораздо интереснее связь с тюркской мифологией. «Эргене-Кон» (Ergenekon) — это легендарная прародина тюрков, долина в горах, где, по преданию, выжил и возродился тюркский народ. В этом контексте фамилия Ергенекон — это топонимическое прозвище, которое могли дать человеку, пришедшему из мест, ассоциировавшихся с этой легендой, или потомку тех, кто помнил о своём происхождении из этой долины.

Вторая, менее мифологичная версия, тоже тюркская: «эргенек» (мужчина, парень) + «он» (десять). Такое прозвище могло означать «десять мужчин», «сильный как десятеро» или «предводитель десятка». Это прозвище воина или старшего в небольшом отряде.

Фамилия Ергенекон практически не встречается в исторических документах Российской империи. Единичные носители могли появиться среди татар, башкир или казахов, переехавших в центральные губернии, но фамилия осталась в исходной, неадаптированной форме. В советское время, с ростом мобильности населения, она могла закрепиться за какой-то одной семьёй, и сейчас её носители — это, скорее всего, потомки именно этой линии. Фамилия несёт в себе древний пласт тюркской истории, и её обладатель может быть уверен: его фамилия — прямое напоминание о легенде, сравнимой по значению с мифом о Ромуле и Реме для римлян.