Фамилия Ершекин образована по редкой для русских фамилий модели. В ней сочетаются два суффикса: -ех- и -ин. Первый из них, -ех-, характерен для западнорусских и белорусских говоров, где он образует прозвища от глаголов или существительных (сравните: Ершех, Ершека). Второй, -ин, — стандартный русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность: «сын Ершехи» или «из рода Ершекиных». Такая двойная суффиксация встречается нечасто и обычно свидетельствует о том, что фамилия сложилась не в центральных областях России, а на стыке диалектов.

Основа фамилии — слово «ерш». В старину ершом называли не только колючую рыбу, но и человека с неуживчивым, сварливым характером, «ершистого». Прозвище Ерш было широко распространено в XVI–XVII веках: в документах упоминаются крестьяне Ерш, посадские люди Ершовы. От него же пошли фамилии Ершов, Ершевский. Ершекин — производная форма, где исходное прозвище Ерш превратилось в уменьшительное или оценочное Ершеха (ершистый, колючий человек). Таким образом, предок носителя фамилии мог получить прозвище за склочный нрав или за внешнее сходство с рыбой — например, за торчащие волосы.

Встречается фамилия в основном в Поволжье и на Урале. По данным переписей XIX века, Ершекины жили в Вятской и Пермской губерниях, а также среди казаков Оренбургского войска. Это согласуется с диалектной географией суффикса -ех-: он характерен для севернорусских и среднерусских говоров, которые легли в основу речи переселенцев на восток.

Других убедительных версий происхождения нет. Связь с тюркским корнем «ерш» (ярость, гнев) маловероятна: в тюркских языках это слово не имеет устойчивого значения, а суффикс -кин тюркским фамилиям несвойствен. Версия о происхождении от названия села Ершекино тоже несостоятельна: такого топонима в официальных реестрах не зафиксировано. Наиболее логичное объяснение — русское прозвище с диалектным суффиксом, которое закрепилось в документах при крепостном праве или при записи в ревизские сказки.