Фамилия Ерусалкин — редкий случай, когда географическое название почти наверняка легло в основу прозвища, а не фамилии по месту жительства. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ерусалкин буквально значит «сын Ерусалки» или «человек из дома Ерусалки». Но вот сама основа «Ерусалк(а)» — это не имя и не профессия, а искажённое, народное произношение топонима Иерусалим.

В русских говорах, особенно среди старообрядцев и крестьян южных и центральных губерний, слово «Иерусалим» нередко редуцировалось до «Ерусалим» или «Ерусал». От него образовали прозвище Ерусалка — так могли назвать человека, который побывал в паломничестве в Святой земле, либо того, кто отличался набожностью, знал библейские тексты, а может, и просто нёс какую-то службу при местной церкви, связанную с образом Иерусалима. Встречается и более бытовая версия: в некоторых регионах «ерусалимом» в шутку называли неказистый, но важный для деревни объект — часовню, постоялый двор или даже просто высокий забор с крестом. Прозвище могло закрепиться за хозяином такого места.

Фамилия бытует почти исключительно в России, чаще всего в Поволжье и на юге — в Ростовской, Волгоградской областях, Ставрополье. Это говорит о том, что носители происходят из крестьянской или мещанской среды: дворянские фамилии с такой основой в исторических документах не фиксируются. Ономастический словарь Б. Унбегауна относит подобные образования к группе фамилий от прозвищ, производных от названий городов и святынь, — по той же модели, что и фамилия Назареткин.

Спорных версий у Ерусалкина почти нет: корень прозрачен, а суффикс -ин типичен для русского Севера и центра. Важно не путать её с фамилией Ерусалимский — та образована напрямую от города через суффикс -ский и чаще встречалась у духовенства и мещан, тогда как Ерусалкин — более простонародный, «деревенский» вариант, где библейское имя перекроилось на крестьянский лад.