Фамилия Эсакияе — редкий случай, когда написание почти полностью сохраняет иноязычное звучание. В русском языке она не прижилась в типичных фамильных формах на -ов, -ин или -ский, а осталась в исходном грузинском виде. Основа фамилии — личное имя Эсакия, грузинский вариант библейского имени Исайя (Исаия). В Грузии имя Эсакия было распространено, и от него по типичной для восточной Грузии модели образовали фамилию с суффиксом -е. Этот суффикс в грузинской ономастике указывает на принадлежность к роду или происхождение от предка: Эсакияе буквально значит «из рода Эсакии» или «потомок Эсакии».

С точки зрения словообразования, фамилия Эсакияе стоит в одном ряду с такими грузинскими фамилиями, как Цхакая, Гулия, Квирикашвили. Но если фамилии на -швили (сын) и -дзе (рождённый) покрывают большую часть Грузии, то окончание -е характерно для западных регионов, особенно Мегрелии и Гурии. Однако имя Эсакия — общегрузинское, поэтому точная географическая привязка может быть размыта: носители фамилии встречаются и в других областях, но исторически корни, скорее всего, ведут в западную Грузию.

В русской традиции фамилия Эсакияе не склоняется, так как оканчивается на гласный и не вписывается в падежную систему русского языка. В бытовом общении её могли записывать с искажениями — Эсакиев, Эсакия, но документально закрепился именно исходный грузинский вариант. Социальный статус предков-носителей фамилии определить сложно: в Грузии фамилии на -е носили и крестьяне, и князья, поэтому по одной фамилии сословие не установишь. Ясно одно: фамилия образована от имени пророка, что говорит о христианских корнях семьи и уважении к библейским именам в роду.