Фамилия Эшкинина — редкая и неочевидная для быстрого разбора. В её основе лежит суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Эшкинин, то есть потомок человека по имени или прозвищу Эшка, Эшкиня. Мужская форма — Эшкинин, женская — Эшкинина.

Главная трудность — корень. В русских говорах слово «эшка» не зафиксировано как самостоятельное. Скорее всего, перед нами результат диалектного изменения более привычного имени. Самая прямая версия: Эшка — это просторечная, усечённая форма крестильного имени Елисей (через варианты Елеска, Елешка, где начальное «Е» в некоторых говорах перешло в «Э»). По той же модели образованы фамилии Елескин, Елешин, а Эшкинин — их редкий фонетический «двойник». Менее вероятно, но допустимо возведение к имени Евсевий (через Евсей — Евсешка — Эшка).

Второй путь — прозвищный. В некоторых северных и вологодских говорах словом «эшка» могли называть человека с необычной, резкой манерой речи или поведения — от междометия «эх» или «эка». Фамилия могла закрепиться за тем, кто часто восклицал «Эка!» или «Эхма!», то есть за человеком эмоциональным, порывистым. Такой тип прозвищ (от междометий) встречается, но редко.

Географически фамилия тяготеет к северу и северо-востоку европейской России. Встречается в Кировской области, в Пермском крае, единичные случаи — в Удмуртии. Это регионы, где сохранялось «эканье» (произношение «Э» вместо «Е»), что делает версию с диалектным искажением имени Елисей особенно убедительной.

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, крестьянская. В XIX веке такие фамилии на -ин редко встречались у дворян или купцов, если только не были образованы от полных церковных имён. Эшкинины — потомки простых людей, за которыми закрепилось уличное прозвище или домашнее имя.