Фамилия Ештубаев звучит как типичная фамилия тюркского происхождения, но её разбор не так прост, как кажется на первый взгляд. В основе лежит сложное имя или прозвище, которое распадается на две части: «еш» и «тубай».

Первая часть, «еш», в тюркских языках (особенно в казахском, башкирском, татарском) чаще всего означает «товарищ», «друг», «ровня» или «пара». Это слово могло входить в состав личных имён как пожелание дружелюбного нрава или как указание на то, что ребёнок родился в паре (например, с близнецом). Вторая часть, «тубай», менее очевидна. Это может быть вариант имени Тубай, которое, в свою очередь, восходит к древнетюркскому слову «туба» — «знамя», «стяг». В кочевой культуре знамя было символом рода, воинской доблести и объединения. Таким образом, имя Ештубай (или Ештебай) можно перевести как «друг знамени» или «товарищ по знамени» — прозвище воина, верного соратника.

Фамилия образована по русской модели патронимических фамилий с суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный или «й». В тюркских языках «й» на конце имени часто переходит в русскую огласовку, поэтому Ештубай превратился в Ештубаев. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Ештубая».

Географически фамилия наиболее характерна для башкир и казахов, встречается также у татар. В Башкортостане и в Оренбургской области можно найти носителей этой фамилии, что подтверждает её связь с южноуральскими и приуральскими тюркскими народами.

Примечательная деталь: в русском языке фамилия могла писаться с вариациями — Ештебаев, Иштубаев, где первый слог менялся под влиянием местных говоров (например, «иш» — тоже «товарищ», но в другой огласовке). Однако форма Ештубаев закрепилась как наиболее распространённая.

Сословно предки Ештубаевых могли быть как рядовыми скотоводами, так и воинами — батырами, поскольку имя несёт явный оттенок воинской дружины. Точных данных о дворянском происхождении нет, что типично для фамилий, оформленных уже после крестьянской реформы или в ходе приписки к русским фамилиям в XIX веке.