Фамилия Эскендер — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение ведёт не вглубь славянских земель, а на Восток. В основе фамилии лежит личное имя Искандер — арабизированная форма древнегреческого имени Александр. Через тюркские языки, где имя бытует как Эскендер или Искендер, оно попало и в русскую среду, чаще всего вместе с носителями — выходцами из народов Кавказа, Поволжья или Средней Азии.

Словообразовательная модель фамилии проста: она представляет собой застывшую форму имени без какого-либо русского патронимического суффикса. В русской традиции фамилии на -ов, -ин или -ский обычно добавляли к основе, чтобы указать на принадлежность («чей сын»). Отсутствие такого суффикса в фамилии Эскендер — верный признак её иноязычного происхождения. Это не адаптированная, а транслитерированная фамилия, которая сохранила исходное звучание.

Значение исходного имени Искандер (Эскендер) в арабском и тюркском мире — «защитник людей», что полностью соответствует смыслу греческого прототипа «Александр». В мусульманской традиции имя особенно почитаемо благодаря легендарному полководцу Искандеру Зулькарнайну — так называли Александра Македонского в восточных сказаниях.

Носители фамилии Эскендер в России — это, как правило, потомки тюркоязычных народов (татары, башкиры, кумыки, азербайджанцы) или народов Северного Кавказа. Встречается она и у крымских татар. Социальный состав предков мог быть самым разным: от сельских жителей до городских ремесленников и торговцев, но фамилия однозначно указывает на то, что родоначальник носил имя-оберег, связанное с образом могущественного героя.

На письме фамилия может иметь варианты: Искандеров, Искендеров, Эскендеров. Форма без суффикса — Эскендер — встречается реже и чаще фиксируется у народов, где патронимические фамилии не были обязательны (например, у некоторых горских народов Кавказа). В русском паспортном столе такую фамилию могли записать «как слышат», поэтому у одной семьи в документах иногда соседствуют Эскендер и Эскендеров.