Фамилия Ескеров — редкий пример, где основа неочевидна, а суффикс указывает на конкретную модель. Она образована по стандартной русской патронимической схеме: к основе «Ескер» добавили суффикс -ов, который в русских фамилиях означает «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то». Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Ескер.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В ряде тюркских языков, особенно в казахском, башкирском и татарском, есть имя Ескер или созвучное Искер. Оно восходит к слову со значением «память», «воспоминание» или «знак», «примета». Имя могли давать ребенку как пожелание, чтобы он остался в памяти людей, или как прозвище человеку с заметной внешностью. Встречается и вариант, где Ескер — это диалектная форма от Искандер (Александр), но это менее типично для русской фамилии.

Суффикс -ов указывает, что фамилия формировалась в русской среде, вероятнее всего, среди крещёных татар, башкир или других тюркских народов Поволжья и Приуралья. Русские писцы и священники, фиксируя имя Ескер, добавляли типичное русское окончание, превращая его в фамилию: «Ескеров сын» — то есть потомок Ескера. Географически фамилия чаще встречается в регионах с тюркским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также в Астраханской области, где исторически сильны тюркские корни.

В отличие от фамилий на -ин, которые часто образуются от основ на -а/-я (Ескерин), вариант Ескеров говорит о том, что основа заканчивалась на согласный: Ескер. Это дополнительно подтверждает, что исходное имя было именно мужским и полным, а не уменьшительным. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что типично для поздних патронимов, закрепленных в XIX веке.