Фамилия Эстенова — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корни, нужно отбросить привычную модель «основа + суффикс -ов/-ев», характерную для большинства русских фамилий. Здесь суффикс -ов присоединён к основе, которая не является ни древнерусским именем, ни названием профессии. Самая вероятная версия — что Эстенов — это русифицированная форма тюркской или кавказской фамилии.

Если отбросить русское окончание -ов, остаётся корень «Эстен». В тюркских языках (например, в казахском, башкирском, татарском) слово «эстен» или «истен» может означать «слышащий», «внимающий» или восходить к личному имени со значением «слух», «внимание». В этом случае фамилия образована от мужского имени Эстен (Истен), которое давали с пожеланием, чтобы ребёнок был послушным, чутким или обладал острым слухом. Встречается и другая тюркская основа: «эсте» — «память», «помнить». Тогда Эстен — это «памятливый», «тот, кто помнит».

Менее вероятна, но возможна связь с эстонским корнем. Фамилия могла возникнуть у русских, живших по соседству с эстонцами, как прозвище «Эстонец» или «Эстен». В таком случае первоначальная форма могла звучать как Эстенов — сын эстонца. Однако географическая привязка фамилии чаще указывает на южные регионы России, Поволжье или Северный Кавказ, где тюркские и кавказские влияния сильнее, чем балтийские.

Важно обратить внимание на суффикс: фамилия оформлена по русской модели (-ов), что говорит о том, что её носители — крещёные или обрусевшие потомки выходцев из тюркской или кавказской среды. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми — например, казаками или мелкопоместными дворянами, принявшими православие и взявшими фамилию по имени отца.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Эсте́нова. Встречается и вариант с ударением на первый, но он менее распространён. Споров о происхождении почти нет: основная версия — тюркская, и она же самая правдоподобная.