Фамилия Эйкинен — редкий для России пример, когда исконно русская по происхождению фамилия выглядит как финская или карельская. Внешний вид обманчив: суффикс -нен действительно характерен для финно-угорских фамилий (например, Репин — Reponen, Ленин — Leninen), но здесь он прирос к основе «эйк», которую проще всего объяснить из русского имени Ефим.

Вероятнее всего, Эйкинен — это русифицированная или диалектная форма отчества от уменьшительного имени Ейка, Ейко (производные от Ефим, реже — от Еремей). В олонецких и архангельских говорах, где было сильное влияние карельского языка, фамилии на -ин могли при оформлении документов получить дополнительное окончание -нен. Так крестьянин, которого в деревне звали Ейкин сын, в метрической книге мог быть записан как Эйкинен — по аналогии с соседями-карелами.

Другая версия, менее убедительная, связывает основу с эстонским или финским словом «ещё» (eikä), но это даёт прозвище с неясной мотивацией. Географически фамилия встречается в Карелии, Ленинградской области и среди ингерманландских финнов. Сословно это почти наверняка крестьяне или мещане: дворянских родов Эйкинен не известно.

Словообразовательная модель проста: русское уменьшительное имя Ейка + русский притяжательный суффикс -ин + финский суффикс -нен, который в XX веке осмыслялся как фамильный показатель. Именно смешение двух языковых систем и делает фамилию Эйкинен необычной — она стоит на стыке русской антропонимии и прибалтийско-финской традиции оформления родовых имён.