Фамилия Эйлинен — редкий для России случай фамилии, образованной по карельской или финской модели. Её выдают суффикс -нен, который в прибалтийско-финских языках (финском, карельском, ижорском) означает принадлежность к месту, роду или какому-либо признаку. В русском контексте такие фамилии чаще всего встречаются среди ингерманландских финнов, карел и потомков переселенцев с севера-запада, особенно в Ленинградской области и Карелии.

Основа Эйли- восходит к распространённому в Финляндии и Карелии личному имени. Скорее всего, это вариант имени Эйли (Eili), которое является краткой формой от Эйлия или Эйлеена — местных аналогов имени Елена. В карельской и финской традиции имя Елена звучало как Хелена, Элена, а в диалектах — как Эйли. Таким образом, Эйлинен буквально значит «Эйлин» или «из рода Эйли», то есть потомок человека по имени Эйли.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ин, где суффикс указывает на отчество, финский -нен часто привязывал человека к топониму или родовому гнезду. Однако в случае с Эйлинен исходное слово — именно имя, а не название деревни. Встречаются и редкие варианты написания, например Эйлине, но форма Эйлинен — самая устойчивая.

По сословному происхождению носители фамилии — почти наверняка крестьяне-землепашцы или рыбаки из северо-западных губерний. Фамилия не дворянская и не купеческая; её массово фиксируют в метрических книгах лютеранских приходов Ингерманландии и в Карелии в XIX веке. Сейчас Эйлинен остаётся малочисленной: в современной России её можно встретить в Петербурге, Карелии и у потомков эмигрантов в Финляндии.