Фамилия Эйналиев — редкий пример, когда невооружённым глазом видна иноязычная основа, а суффикс подсказывает, где и когда фамилию «обрусели». Она образована по тюркско-русской модели: к имени или прозвищу Эйнали добавили русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих). Носитель фамилии — потомок человека по имени Эйнали.

Само имя Эйнали — составное, из двух тюркских корней. Первая часть, «эй», может восходить к тюркскому «ай» (луна) или к междометию-обращению, но в именах чаще встречается в значении «лунный», «светлый». Вторая часть — «али» — это арабское имя Али (высокий, возвышенный), широко распространённое у народов, исповедующих ислам. Таким образом, Эйнали — это «лунный Али» или «свет Али», что характерно для сложных имён у азербайджанцев, лезгин, татов и других народов Кавказа и Закавказья.

Скорее всего, фамилия Эйналиев имеет азербайджанские или лезгинские корни. В тюркской ономастике сложные имена с компонентом «али» (Гаджиали, Магомедали, Эйнали) — один из самых продуктивных способов имяобразования. Встречается фамилия и в Дагестане, где суффикс -ев типичен для русификации местных фамилий (сравните: Алиев, Гаджиев). Социальный статус предков определить сложно: имя Эйнали могли носить и крестьяне, и торговцы, и духовные лица — оно не было строго сословным.

В написании фамилии встречается вариант Эйналиев (с буквой «е» в конце основы), что соответствует азербайджанской передаче имени Эйнали. Иногда можно увидеть написание Айналиев — это диалектное или орфографическое колебание, связанное с произношением первого слога. В русских документах фамилия закрепилась именно в форме Эйналиев, так как она точнее передаёт исходное звучание.