Фамилия Эжбаева — редкий случай, когда географический указатель почти наверняка перевешивает все остальные версии. Основа фамилии, Эжбай, — это тюркское составное имя, где вторая часть «бай» означает «богатый, хозяин, господин» и была распространённым компонентом в мужских именах у башкир, татар, казахов и других народов. Первая часть «эж» (или «эже») в тюркских языках может означать «хозяйка, старшая сестра, мать»; в башкирском словом «эжэй» называют бабушку. Таким образом, исходное имя Эжбай, от которого и образована фамилия, можно истолковать как «богатая (уважаемая) мать» или «госпожа-хозяйка», что необычно — чаще «бай» присоединяли к мужским именам. Возможно, в основе лежало прозвище или охранительное имя, данное мальчику, чтобы злые силы приняли его за девочку.

Суффикс «-ева» указывает на принадлежность: Эжбаева — чья? — дочь или жена человека по имени Эжбай. Модель типична для русских фамилий, но в данном случае она наложилась на нерусскую основу. Форма на «-ева», а не на «-ова», говорит о том, что основа заканчивается на мягкий или шипящий звук (Эжбай → Эжбаев).

География фамилии узкая. По данным открытых источников и телефонных справочников, большинство носителей сосредоточено в Башкортостане и соседних регионах Урала. Это подтверждает башкирское или татарское происхождение. Встречаемость фамилии крайне низкая: по всей России её носят, вероятно, не более нескольких сотен человек. Фамилия не попала в массовые списки крестьянских или дворянских родов — скорее всего, предки Эжбаевых были рядовыми общинниками, башкирами-вотчинниками или тептярами, получившими фамилию при переписях XIX века.

В написании возможна путаница с фамилией Эжбаев (мужской вариант), а также редкое изменение ударения: в самой фамилии ударение обычно падает на второй слог — Эжба́ева, хотя в исходном имени Эжба́й ударение также на последнем слоге.