Фамилия Ежепупкин — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти в неизменном виде и не было «приглажено» литературным языком. В её основе лежит не имя и не профессия, а озорное, а то и обидное прозвище, которое дали человеку за внешность или повадки.

Словообразовательная модель проста: корень «еж-» (колючий зверёк) соединяется с корнем «-пуп-» (живот, пупок) через интерфикс «-к-». Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Ежепупкин, то есть сын или потомок того, кого дразнили Ежепупком. Модель типична для русских фамилий второй половины XVII–XVIII века, когда прозвища активно превращались в родовые имена. Суффикс «-ин» обычно присоединялся к основам на -а, -я, но здесь основа заканчивается на твёрдый согласный — это допустимое исключение, характерное для простонародной среды.

Само прозвище Ежепупок, скорее всего, описывало человека с торчащим, «колючим» животом — возможно, худого, с выпирающим пупком, или, напротив, очень плотного, с круглым и твёрдым, как у ежа, животом. В русских говорах «ежом» называли не только зверька, но и колючий кустарник, а также скупого, сердитого человека. Однако «пупок» явно отсылает к телесной особенности, так что версия с внешностью убедительнее.

Фамилия почти не встречается за пределами нескольких регионов. По данным переписей, основное гнездо — юг России, особенно Ростовская область и Краснодарский край. Там, в казачьей среде, прозвища часто были яркими и не боялись грубоватой прямоты. В центральных губерниях фамилию могли «исправить» на более благозвучную (например, Ежов или Пупкин), но на окраинах она устоялась.

Никаких известных дворянских родов с такой фамилией не было. Её носители — почти наверняка крестьяне или однодворцы. В XIX веке фамилия фиксируется в метрических книгах сёл Ростовского уезда, где Ежепупкины были хлебопашцами и мелкими торговцами. Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) обходят её стороной — она слишком редка и «неудобна» для академического анализа. Зато для историка быта она ценна как живое свидетельство того, что в народе не стеснялись называть вещи своими именами.