Фамилия Ежкун — редкий случай, когда прозвище образовано не с помощью стандартного русского суффикса, а через западнославянский или балтийский формант. Основа здесь очевидна: «еж» — колючий лесной зверёк. Но суффикс «-ун» выдаёт не великорусскую, а скорее украинскую, белорусскую или польскую модель словообразования. В этих языках суффикс «-ун» часто придаёт слову значение деятеля или носителя признака: «крикун» — тот, кто кричит, «бігун» — бегун. Соответственно, Ежкун — это человек, которого прозвали за сходство с ежом: возможно, за колючий характер, нелюдимость или, наоборот, за привычку ходить с взъерошенными волосами.

С географической точки зрения фамилия должна была возникнуть на территории, где смешивались восточнославянские говоры с польским или литовским влиянием. Это современные западные области Украины, Беларусь, а также юго-западные районы России (Брянщина, Смоленщина). В центральных и северных русских землях такой суффикс почти не встречается: там «ежа» назвали бы Ежовым или Ежиным. Модель «Ежкун» — это не отчество от имени, а прямое прозвище, закреплённое в фамилии без дополнительного патронимического суффикса.

В русских документах фамилия фиксируется крайне редко. Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) не выделяют «Ежкун» в отдельную статью, но подтверждают, что суффикс «-ун» характерен для украинской и белорусской антропонимии. Споров о происхождении здесь немного: альтернативная версия, что основа идёт от глагола «ежиться» — съёживаться, сжиматься, — возможна, но менее вероятна, так как прозвище по внешнему признаку или повадке животного встречается гораздо чаще.

Таким образом, предок носителя фамилии Ежкун — это, скорее всего, человек из западных регионов, получивший меткое бытовое прозвище за свой характер или внешность. Фамилия не аристократическая и не искусственная, а народная, и её редкость — прямое следствие узкой региональной модели образования.