Фамилия Фафенроут — явный случай, когда русское ухо слышит что-то чужеродное, и не ошибается. Это немецкая или еврейская (ашкеназская) фамилия, записанная кириллицей. Её основа — немецкое слово Faf(e)n (устар. «хватать, ловить») или Pfaffe (попа, священник, часто с пренебрежительным оттенком), а вторая часть — Rout или Roth (красный). Самый прямой перевод — «красный поп» или «красный священник». Правдоподобнее всего, что прозвище дали человеку с рыжими волосами, который служил в церкви, или же насмешливо — тому, кто слишком рьяно исполнял обряды.

Обратите внимание на суффикс. В немецкой ономастике нет универсального родового окончания, как русское -ов. Фафенроут — это чистая основа, без добавления суффикса. Это указывает на то, что фамилия сложилась в немецкоязычной среде и была принесена в Россию уже в готовом виде, скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда в империю приглашали колонистов или переселялись ремесленники и торговцы. Встречается вариант написания «Фафенрот» — с одной «у» или через «о» на конце, но корень остаётся тем же.

Географически фамилия редкая. В дореволюционных источниках её носители фиксировались в черте оседлости (западные губернии) и в Поволжье, среди немецких колонистов. Если предки были выходцами из Германии, они могли быть пасторами, учителями или управляющими. Если же фамилия еврейская (ашкеназская), то прозвище «красный поп» могло быть ироничным — так могли назвать человека, который выделялся внешностью или поведением среди общины.

Разбор суффикса здесь, по сути, сводится к его отсутствию. Это не русская модель на -ов/-ев, не украинская на -енко и не польская на -ский. Фафенроут — фамилия-прозвище, застывшая в исходной немецкой форме. В отличие от однокоренных русских фамилий вроде Попов или Рыжов, она не прошла этап русификации окончания, что и делает её такой узнаваемо «нерусской» на слух. Носитель этой фамилии почти наверняка имеет предков, говоривших по-немецки или на идише.