Фамилия Фафенрот — редкий пример немецкого по происхождению родового имени, которое практически не встречается за пределами исторических немецких земель и диаспор. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, эта фамилия сохранила исходную немецкую форму без русификации.

Если разобрать её по составу, то первая часть — «Фафен» — почти наверняка восходит к средневерхненемецкому pfaffe (священник, поп). Вторая часть — «рот» — может означать либо «совет» (нем. Rat), либо «красный» (нем. rot). Таким образом, наиболее правдоподобная версия: Фафенрот — это сложное прозвище, которое означало «совет священника» или «тот, кто даёт совет священнику». В средневековой Германии такие имена часто давали людям, выполнявшим роль церковного старосты, писаря при приходе или светского советника духовного лица.

Менее вероятная, но не исключённая гипотеза — связь с топонимом. В Германии есть несколько населённых пунктов с похожими названиями (например, Фафенрот в земле Рейнланд-Пфальц). В таком случае фамилия могла возникнуть как указание на выходца из этой местности. Однако географическая привязка менее распространена, чем профессиональная.

Словообразовательная модель здесь типична для немецких фамилий: два корня, соединённых без суффикса. В русской ономастике такие фамилии — редкость, и их носители, как правило, потомки немецких колонистов, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках. Встретить фамилию Фафенрот можно среди поволжских немцев или обрусевших семей из Прибалтики.

Сведений о массовом бытовании фамилии в современной России нет. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) она не упоминается — и это закономерно, так как Унбегаун рассматривал преимущественно славянские модели. Для поиска корней конкретной семьи стоит обращаться к немецким метрическим книгам и спискам колонистов, а не к общерусским справочникам.