Фамилия Фафруник — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, она имеет западнославянские корни, а именно польские или украинские. На это указывает суффикс -ник, который в польском и украинском языках часто образует названия профессий, лиц по занятию или носителей характерного признака (например, польское pracownik — работник, grzesznik — грешник). В русской фамильной системе суффикс -ник тоже встречается, но реже и обычно в южнорусских или белорусских землях, где сильнее польское влияние.

Основа фамилии — «фафрун» — не имеет прямого значения в русском или украинском литературном языке. Наиболее вероятная версия: это искажённое или диалектное произношение слова, связанного с польским fafrać или fafrnąć. В польских говорах fafrać означает «говорить невнятно, бормотать», «делать что-то небрежно, халтурить». Отсюда fafrun — человек, который бормочет, неразборчиво говорит, или же неаккуратный работник. В украинских диалектах Западной Украины (Галичина) встречается слово «фафра» — «разиня, недотёпа». Таким образом, Фафруник — это потомок человека, которого прозвали Фафруном за манеру речи или за небрежность в делах.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с румынским или молдавским словом fofârlică (так называется птица, возможно, удод или вертишейка). В этом случае прозвище могло быть дано за внешность или повадки. Но географически фамилия Фафруник встречается в основном на западе Украины (Львовская, Тернопольская области) и в Польше, что делает славянскую версию с «бормотанием» более убедительной.

Словообразовательная модель проста: прозвище Фафрун + суффиксальный показатель принадлежности или характерности -ик (в украинском варианте -ик, в польском -ik). Фамилия не дворянская, не книжная — типичное крестьянское или мещанское прозвище, закреплённое в документах в XIX веке. Встречается она крайне редко, и в современных российских базах данных почти не фигурирует, что подтверждает её узкую региональную привязку.