Фамилия Фафрунык — редкая и неочевидная для русского уха. Она не вписывается в привычный ряд фамилий на -ов, -ин или -ский, и это сразу подсказывает, что её корни, скорее всего, невеликорусские. С высокой вероятностью перед нами украинская или польская фамилия, образованная с помощью суффикса -ук/-юк, который в украинском языке указывает на «сына» или «ученика» (как Ивасюк — сын Ивана). В данном случае суффикс -ык (фонетический вариант -ик, -ук) приращён к основе Фафрун-.

Самая сложная часть — основа. Фафрун- не имеет очевидных параллелей в славянских языках. Здесь возможны два пути. Первый: это искажённое или диалектное произношение слова «фараон» (в польском «faraon», в украинском «фараон»). В народной среде библейское имя могло стать прозвищем — либо в насмешку над важным или гордым человеком, либо как прозвище ребенка, которому дали «царское» имя при крещении (такие случаи известны в южнорусских и украинских селах). Второй вариант: основа восходит к румынскому или молдавскому слову «făfăi» (бормотать, мямлить) или к личному имени Făfrun, которое встречается в Молдове. Учитывая географию — фамилия встречается в Черновицкой и Ивано-Франковской областях Украины, а также в приграничных районах Румынии, — молдавское влияние вполне объяснимо. Тогда Фафрунык — это «сын того, кого звали Фафрун», а само прозвище могло означать «бормотун» или «неразборчиво говорящий».

Словообразовательная модель простая: основа Фафрун- + суффикс -ык (патронимический). Ударение, судя по украинской традиции, падает на последний слог: Фафруны́к. В русском языке фамилия часто подвергается переосмыслению: её могут записывать как Фафруник, Фофрунык, а в быту путать с более известной фамилией Фарфурнык (от «фарфурный» — весёлый, шутливый). Но это разные фамилии.

Сословная принадлежность предков неясна. Фамилия недворянская, не имеет аристократических приставок. Скорее всего, её носили крестьяне или мещане западных губерний Российской империи, а позже — жители Галиции. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не фиксируется, что говорит о её локальном бытовании и, возможно, позднем закреплении (XIX век). Сегодня Фафрунык — одна из тех фамилий, которые сохранились в нескольких десятках семей, в основном на Западной Украине.