Фамилия Факиди — редкий случай для русского ономастикона. Её происхождение напрямую связано с греческим языком, а точнее — с понтийскими греками, переселявшимися в Российскую империю и СССР. Основа фамилии — греческое слово «φακίδα» (факида), что означает «чечевица». В переносном смысле так могли называть человека с веснушками или мелкими отметинами на лице — по аналогии с формой и цветом чечевичного зерна.

Суффикс -и (или -ди) в греческих фамилиях выполняет ту же роль, что и русские -ов, -ин: он указывает на принадлежность. То есть Факиди буквально означает «из рода Факиса» или «относящийся к чечевице». Встречаются и варианты написания: Факидис, Факидакис, где -акис — типичный критский и малоазийский уменьшительный суффикс. Сама форма Факиди без конечного «с» характерна для понтийской традиции, где фамилии нередко оканчивались на гласный.

Географически фамилия прикреплена к местам расселения понтийских греков: Краснодарский край, Ставрополье, Ростовская область, а также Грузия (особенно Аджария) и Абхазия. Встречается она и на Украине — в Мариуполе и Мелитополе, куда греки переселялись в XVIII–XIX веках из Крыма. Носители фамилии традиционно занимались земледелием, ремеслом, торговлей; в советское время многие стали врачами, учителями, инженерами.

Спорных версий у фамилии почти нет — греческая этимология очевидна. Редкие попытки связать её с тюркским или арабским корнем (якобы «факир» или «факих») лингвистически несостоятельны: в фамилии нет характерных для таких заимствований суффиксов, а греческая модель словообразования прослеживается чётко. Так что Факиди — одна из тех фамилий, где по окончании сразу угадывается национальная принадлежность предков.