Фамилия Фандунцева — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначному толкованию с первого взгляда. Чтобы понять её происхождение, нужно отбросить суффикс и присмотреться к корню «Фандунц». Скорее всего, перед нами не славянская, а заимствованная основа, адаптированная русским окончанием.

Вероятнее всего, фамилия образована от прозвища или имени Фандунц, которое могло попасть в русскую речь через южнославянские или румынские диалекты. В болгарском и македонском языках есть слово «фандул» — так называли вид мелкой рыбы (уклейку) или, в переносном смысле, несерьёзного, вертлявого человека. Суффикс «-унц» (или «-онц») характерен для балканских фамилий, особенно для македонских и болгарских: он указывает на принадлежность или свойство. Таким образом, Фандунцев — это «сын Фандунца», то есть человека, которого прозвали за сходство с рыбкой или за непоседливый нрав.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «фан» (или «пан») означает «господин», а «дунц» могло быть искажением личного имени или титула. Однако эта гипотеза слабая: для неё нет надёжных параллелей в русских фамилиях, и сочетание звуков «фан-» в начале слова для исконных тюркских имён нетипично.

Фамилия Фандунцева — женская форма, указывающая на принадлежность к роду Фандунцевых. Поскольку фамилия очень редкая, её носители, скорее всего, происходят из небольшой локальной группы — возможно, потомков переселенцев с Балкан или из Бессарабии, где смешивались славянские и румынские традиции. В дореволюционных метриках фамилия могла писаться через «а» (Фандунцов) или с двойным «н» (Фаннунцев), что только подтверждает её неустойчивое, «народное» происхождение.