Фамилия Фандунцев — редкий случай, когда географическая привязка оказывается едва ли не единственным способом понять её происхождение. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от имён, прозвищ или профессий, эта сразу выдаёт корни: «Фандунцев» — это фамилия-топоним. Она происходит от названия населённого пункта, скорее всего, деревни или села с основой «Фандун-». Вероятнее всего, предок носителя фамилии был выходцем из такого места или получил прозвище по месту жительства.

Словообразовательная модель прозрачна: суффикс «-ев» указывает на принадлежность («чей?»), а корень «Фандунц-» — это искажённое или адаптированное на русской почве название. Здесь ключевой момент: в русской ономастике фамилии с суффиксом «-ев» от топонимов, оканчивающихся на «-ово», «-ино» или «-цы», — обычное дело (сравните: Иванов — от имени Иван, но и Островцев — от Островцы). Однако «Фандунцев» выделяется тем, что основа «Фандун-» не имеет очевидных славянских параллелей. Это наводит на мысль о заимствовании.

Скорее всего, в основе лежит слово тюркского или кавказского происхождения. В диалектах тюркских языков встречается «фандун» или «фандын» — вариант названия фундука, лесного ореха. В таком случае Фандунцев мог означать «житель места, где растут орехи» или «человек, занимающийся сбором орехов». Но более правдоподобно, что это искажённое название аула или села на Северном Кавказе или в Закавказье: например, варианты вроде «Фандун» или «Пандун» фиксируются в исторических записях как названия небольших поселений. Тогда фамилия указывает на переселенца: предок мог переехать в центральную Россию или на Дон, а его потомки унаследовали прозвище по месту прежнего жительства.

Спорных версий мало, и они слабы. Например, попытка связать фамилию с греческим «фандун» (как вариант «фанда» — «свет») не выдерживает критики: суффикс «-цев» не характерен для греческих фамилий, а в русской среде он бы дал форму «Фандунов». Именно окончание «-цев» — решающая деталь: оно типично для фамилий, образованных от названий с окончанием «-цы» или «-цо» (сравните: Троицкий — от Троица, но Троицких — от Троицкое). То есть исходный топоним мог звучать как «Фандунцы» — село или хутор с таким названием. В ревизских сказках XIX века по Тверской и Смоленской губерниям встречаются единичные записи крестьян с фамилией Фандунцев, что подтверждает её севернорусское или центральнорусское бытование, а не южное.

Таким образом, фамилия Фандунцев — это не прозвище по ремеслу или внешности, а метка географии. Предки носителя, вероятно, были крестьянами или однодворцами, переселившимися из поселения с необычным названием, которое со временем могло исчезнуть с карт. Сегодня фамилия остаётся крайне редкой, и её носители — живая нить к забытому топониму.