Фамилия Фаненштиль — одна из тех, что сразу выдают нерусское происхождение. Её не нужно разбирать по суффиксам -ов или -ин, потому что она не образовывалась на русской почве. Это готовая немецкая фамилия, принесённая в Россию переселенцами или военными специалистами.

Основа фамилии составная: «Фанен» (Fahnen) — знамёна, и «штиль» (Stiel) — древко, рукоятка. Буквально Fahnenstiel переводится как «древко знамени». В немецкой ономастике такие прозвища часто давали по роду занятий: знаменосец (Fähnrich) или мастер, делавший военные знамёна и их древки. Прямое указание на профессию — самая правдоподобная версия происхождения.

В России фамилия встречается крайне редко. Её носители — потомки немецких колонистов, приглашённых Екатериной II, или офицеров, служивших в русской армии. В XVIII–XIX веках немцы составляли заметную часть офицерского корпуса, и фамилия Фаненштиль могла закрепиться за выходцами из Пруссии или прибалтийских губерний.

Написание фамилии устойчивое, без вариантов — Фаненштиль. Ударение, скорее всего, на последний слог, как в немецком языке. В документах встречается в единичных случаях, в основном на юге России и в Поволжье, где были немецкие колонии.

Если искать однокоренные фамилии, то в немецком языке есть Fahner (от того же «знамя») и Stieler (производитель рукояток). Но Фаненштиль — уникальный сплав двух корней, который не имеет аналогов в русской фамильной системе. Это не адаптированная, а заимствованная фамилия, сохранившая исходную форму.