Фамилия Фаноберов — редкий случай, когда основа читается не по-русски, а суффикс — самый что ни на есть русский. Корень «Фанобер» явно заимствован, и здесь у исследователя есть две основные версии, обе ведут в разные эпохи.

Первая и самая вероятная: фамилия образована от прозвища Фанобер, которое, в свою очередь, восходит к французскому fanfaron — «хвастун, бахвал». В русском языке это слово закрепилось в форме «фанфарон» (пустой хвастун), но в говорах или при устной передаче могло редуцироваться до «фанобер». Так могли прозвать бойкого, любившего прихвастнуть человека — или, наоборот, дать ироничное прозвище скромному. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель: «чей?» — Фаноберов, то есть сын или потомок Фанобера.

Вторая версия — топонимическая. Фанобер могло быть искажённым названием населённого пункта. В Европе встречаются топонимы, созвучные этой основе (например, Fanober в Швейцарии или старое немецкое Fanober как вариант Fanhöhe). Если предок переселился из такого места, его земляки могли назвать его по месту выхода — «Фанобер», а уже на русской почве добавили -ов. Версия слабее, но исключать её нельзя: в XVIII–XIX веках в Россию приезжало немало иностранных специалистов, ремесленников и военных, чьи фамилии русифицировались именно так.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком: в ней нет исконно славянского корня, зато есть чёткий русский суффиксальный формант. Это говорит о том, что фамилия сложилась уже на русской территории, а не была привезена в готовом виде. Сословно носители могли быть из мещан, купцов или обрусевших иностранцев — дворянских родов с такой фамилией в известных родословных книгах не зафиксировано.

Написание «Фаноберов» с одним «н» — ещё один ключ: если бы корень был от «фанфарон», логично ждать «Фанфаронов». Но форма «Фаноберов» закрепилась, видимо, через устную речь, где двойное «ф» и «р» стянулись. Сегодня фамилия крайне редка, её можно встретить в центральных областях России и в среде потомков обрусевших немцев или французов, осевших в Поволжье.