Фамилия Фоноберов — редкий случай, когда прозвище с немецким предлогом «фон» попало в русскую крестьянскую или мещанскую среду, а не в дворянскую. В немецком «von» указывало на происхождение из рода или поместья, но в России XVIII–XIX веков такое «фон» нередко давали в насмешку: так могли прозвать человека, который пытался казаться важным, носил немецкое платье или подражал иностранцам. В основе же лежит, скорее всего, слово «обер» — немецкое «ober» (старший, главный). Фоноберов — это ироничная переделка: «фон Оберов» или «фон-Оберов», то есть «из старших», «главный господин». Прозвище могли дать приказчику, старосте или просто хвастуну, который любил командовать.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от прозвищ на согласный. Записывали такую фамилию обычно по звучанию: Фоноберов, а не Фон-Оберов. Встречается она преимущественно в центральных и южных губерниях России, где оседали обрусевшие немцы или где было сильно влияние немецких колоний (Поволжье, Новороссия). В дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована — её носители были государственными крестьянами, однодворцами или мещанами.

Интересно, что в некоторых говорах «обер» могли переосмыслить как «обернуть» или «оборачиваться», но это народная этимология, не имеющая отношения к реальному происхождению. Более правдоподобная версия — связь с немецким «Ober» как частью сложных слов (Oberst — полковник, Obermeister — старший мастер). Тогда Фоноберов — это человек, которого в шутку величали «фон Обер» за важный вид или должность.

Других однокоренных фамилий (вроде Оберов, Фонобер) почти не встречается, что подтверждает: перед нами не распространённая модель, а единичное шутливое прозвище, закрепившееся в одном роду. Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких соседних деревень, где когда-то жил тот самый «важный немец».